Штефан Фюле родился 24 мая 1962 года в городе Соколов, Чешская Республика.

В 1980-1981 учился в Праге на философском факультете Карлова университета. Затем с 1981 по 1986 – в Московском государственном институте международных отношений.

В 1988 принимал участие в учебной программе ООН по разоружению. В 1987-1990 гг. - работал референтом по связям с ООН в чехословацком министерстве иностранных дел. С 1990 по 1995 годы – первый секретарь чехословацкого, а затем чешского Постоянного представительства при Организации Объединенных Наций. В 1994-95 – член чешской делегации и заместитель представителя в Совете Безопасности ООН.

В 1995-96 гг. Фюле - глава департамента министерства иностранных дел Чехии по связям с ООН.В 1996-98 - возглавлял отдел политики безопасности МИД.

В 1998 Штефан Фюле начал работу послом Чехии в Литве и оставался на этом посту до 2001 года. В 2003-05 гг. - посол Чехии в Великобритании.

С 2005 по 2009 занимает должность постоянного представителя Чехии в НАТО.

В 2001-02 гг. Штефан Фюле работал первым заместителем министра обороны. С мая по ноябрь 2009 года – министром по европейским делам.

В 2010 году вошел в состав Европейской комиссии и 9 февраля занял пост еврокомиссара по вопросам расширения и политики добрососедства.

Награжден Крестом за заслуги І класса, орденом Великого князя Литовского Гедиминаса.

Помимо чешского, отлично владеет английским и русским языками, хуже – французским и немецким.

Женат, имеет троих детей.